Wenn Deine SD-Karte aktualisiert worden ist, kann der Download Cache komplett gelöscht werden. Nach einem Neustart erstellt die ToolBox fehlende Ordner wieder her und lädt bei Bedarf die neuste Datenbank Version herunter. Diese Daten zu behalten würde nur dann Sinn machen wenn diese nochmals auf eine weitere SD-Karte (Kopie) geschrieben werden sollen.
Bei den Backups in Deinem Ordner "CK-8673-....." würde ich zumindest das letzte behalten, da daraus eine defekte SD-Karte wieder hergestellt werden kann.